這是一部環保電影，卻也無處不見“父親”的出現。
米婭為了尋找日思夜想的父親不惜千山萬水尋找，父親卻早已遭遇礦難事故生死未卜。
馬力克跟隨父親來到遙遠的叢林，卻看到為富不仁兇殘成性的父親在毀滅森林與自然。
當米婭初次見到米咕的時候，她不聽的問“父親”、“父親”，米咕們自以為是地抓起泥土，拿出種子，示意這就是父親。
礦井老板為了當聽到已經破產的時候，將憤怒盲目地牽扯到米咕巨人身上，發難般地往米咕大樹發射火箭炮，為此甚至傷害到自己的親生兒子。但其實他又是那么矛盾，當兒子夜里抱著他時，他的臉上又露出一副截然不同的和藹溫柔。
這是一個生命不息的故事，米咕是土地，米咕因米咕大樹而存在，當米咕大樹被破壞，米咕也遭受傷害，當米咕將種子重新種入土壤時，米咕大樹又重新恢復生機，米咕又得以恢復。故事的結局是美好的，充滿希望的，麻木不仁的礦井老板終恢復人性懷抱兒子，米婭的勇敢拯救了森林也拯救了父親。幾乎被毀滅的叢林在米咕巨人的努力下得以保護。
環保主題的動畫，或更著名是宮崎駿，以更為矛盾的沖突來激發對人類開發的反思。《米婭與米咕巨人》在主題表現上或不如宮崎駿作品來得深刻，但從畫風以及色調卻帶出不一樣的細膩溫暖。