NDS平臺上的第二作《薩爾達傳說》，延續了系列作的基本系統，在此基礎上開發出特有的列車系統。NDS平臺上的兩作各自對應不同的交通工具，《夢幻の砂時計》是海船，此作《大地の汽笛》是火車。此作的林克作為一列車員，駕駛著火車在大地奔馳，恢復被惡魔吞噬的大地列軌，拯救薩爾達公主的靈魂回歸身體。
依舊是動作解謎，依舊在下屏地圖寫畫標志，依舊在迷宮奔跑破解重重關卡，依舊也要躲避鐵甲守衛的看守。此作新意之處是支線角色的加入。被奪去身體的薩爾達公主留有靈魂漂浮半空，但她可以進入鐵甲守衛的軀體，從而幫助林克在迷宮中的解謎破敵。但對支線角色的控制也僅能對行動路線做控制，或者簡單的物品激活來協助林克解開不能到達的地方解除機關。作為玩家而言，一伙伴相助或可減獨立奮戰之寂寞感。薩爾達公主的加入到最后BOSS戰得以確實表現，不再是假借鐵甲守衛之軀，而是親身手抓神弓，跑到BOSS背后，在林克引開BOSS注意之時，對準其后背弱點，發出閃光神箭。當然，此時玩家依舊控制的是林克，給薩爾達公主描繪行動路線，抓準時機按下發射按鈕就會讓公主發箭。
每一作的《薩爾達傳說》，林克都會擁有不同的武器，用于解開迷宮之中各色謎題。DS平臺上的飛鏢保留，新添了繩爪，沙杖，制風器。在此作發布之前，任天堂已透露會加強DS的麥克風機能以及觸控機能，制風器則是一。而此作還有一個風笛的道具，林克每解開一地域的鐵路之前，都必須按旋律吹奏風笛，則又是一利用麥克風機能的設定。麥克風機能不一定是為了對其發聲，同時其也可感應氣流而進行相應的操作。
前文說DS平臺上的《薩爾達傳說》對應不同的交通工具，此作是列車。此交通工具的操作設定不單只是一個鏈接場景轉換的工具而已，而是營造出確實的列車員的控制感。鳴笛，加速，減速，倒車，到站，每處設定都似乎在玩另一款列車游戲的精簡版。但，其實并不鐘情此設定，以為有拖慢游戲節奏之嫌。雖然其通過支線劇情，一定程度上發揮了此系統的可玩性。
