開始於一樁校園虐殺碎屍事件，受害者被殺害後肢解重組為一張椅子，造型可怖殘忍。而在兇案現場，就只有受害人的一名學生。而由此，帶出了動畫的主角，並非如名稱的江戶川亂步，或者其後人，而只是一天才偵探明智少年。因為這一樁案件，一個三人偵探少年小組成立了。
當以為這動畫只會如一般偵探懸疑動畫那般的話，就錯了。之後的一樁又一樁案件就不過是對一條公式的鋪墊，將人物帶出，將主題深化揭示，在最後來將過去以及現在進行聯繫，說明這一切罪惡背後的人性之兇殘。
“兇殘”，是因為軟弱，因為太過軟弱而給予罪惡實現的可能。要將罪惡杜絕，就只能用兇殘將罪惡警告，滅絕。結尾，動畫似乎要以失控的狀態來將社會推向混亂，以“正義”來杜絕罪惡，以暴制暴來化解內心的壓抑。是的，動畫開場的幾個案件鋪墊，就是為了對這以暴制暴進行合理化的理由，法律的缺失導致罪人得不到應有的懲罰，但受害者的尊嚴一直被踐踏而罔顧。這尊嚴的保護，就只能以更加罪惡來懲罰，雖然法律的正義不能接受這種懲罰，但這似乎就唯一的方法。
動畫在畫面的處理上很是艷麗，符號化的場景以及人物形象，使得故事的主題呈現有更多可供深究的，如路人都以木偶或者陰影形象來取代，屍體解剖說明則以玩偶來取代，這些看似戲謔呈現，實則是在對這罪惡冷漠世界的諷刺。
